Dzisiejszy kościół garnizonowy w Zegrzu położony przy ulicy Drewnowskiego 1a, to współczesna, nowoczesna budowla. Historia zarówno miejscowości, jak parafii oraz świątyni sięga jednak średniowiecza. W miejscowości istniało kilka kolejnych kościołów katolickich a nawet cerkiew.
Pierwsza wzmianka o Zegrzu pochodzi z 1237 r., a o tamtejszej parafii z 1367r. W tamtym okresie powstała zapewne pierwsza świątynia. Stała ona prawdopodobnie na terenie nieczynnego dziś cmentarza w Zegrzu (zachodnia strona ulicy Drewnowskiego, między blokami). Właśnie tam w czasie prac wykopalisk prowadzonych w 2017 r. odkryto kamienne fundamenty budowli.
Murowany kościół p.w. św. Antoniego Padewskiego, św. Barbary i św. Rocha powstał w miejscu dzisiejszej świątyni w 1758 r. Ufundował go Antoni Krasiński, dziedzic Zegrza. Świątynia miała kształt kwadratu i posiadała pięć ołtarzy.
Kościół istniał do ostatniego dziesięciolecia XIX w. Dziedziczka dóbr ziemskich Zegrze Jadwiga Radziwiłłowa z domu Krasińska musiała sprzedać Rosjanom teren Zegrza pod budowę twierdzy.Siedzibę parafii przeniesiono do nowego kościoła w oddalonej o kilka kilometrów Woli Kiełpińskiej a świątynię zegrzyńską rozebrano do fundamentów.
Powodem rozbiórki była chęć wybudowania w jej miejscu cerkwi na potrzeby załogi twierdzy. Kamień węgielny położono w 1895 r. auroczystego poświęcenia dokonano 29 kwietnia 1899 r. Prawosławną świątynię wybudowano z cegły w stylu bizantyjskim z odwołaniem się do architektury moskiewsko-jarosławskiej. Nad środkową częścią umieszczono okrągłą wieżę z cebulastą kopułą. Nad wejściem znajdowała się wieża dzwonnicza. Autorem projektu świątyni był inżynier wojskowy płk Rakint. Ikony w cerkwi były kopiami ikon z soboru w Kijowie.
Świątynia szczęśliwie przetrwała I wojnę światową. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości i utworzeniu w Zegrzu polskiej twierdzy, prawosławną świątynię, bez gruntownej przebudowy, przekształcono w katolicki kościół garnizonowy. Jego poświęcenie odbyło się 21 stycznia 1919 r.
Zmiana wyglądu zewnętrznego i wystroju wewnętrznego nastąpiła dopiero w latach 30. XX w. Wówczas to, z inicjatywy proboszcza ks. mjr. Szymona Żołtowskiego kościół przebudowano w 1932 r. według projektu Edgara Norwertha. Z przodu dobudowano toskańskie kolumny, zburzono dzwonnicę, zastępując ją dwiema małymi wieżami, zmieniono kształt kopuły.
Kościół nie został uszkodzony w czasie działań wojennych we wrześniu 1939 r. Dopiero walki rosyjsko-niemieckie w październiku 1944 r. dokonały wielu szkód. Zawalił się dach i zostało zniszczone wnętrze ale mury zostały.
Po wojnie, ze względu na sytuację polityczną, nie było woli reaktywacji parafii ani odbudowy świątyni. Jej agonia nastąpiła latem 1987 r. kiedy mury wysadzili w powietrze wojskowi saperzy, oczyszczając plac pod planowaną budowę budynków mieszkalnych.
Reaktywacja parafii garnizonowej nastąpiła niedługo po przemianie ustrojowej (1993) i uruchomiono wówczas tymczasową kaplicę w budynku kinoteatru na terenie jednostki wojskowej, ale temat odbudowy świątyni odwlekał się. Kamień węgielny wmurowano dopiero 3 czerwca 1999 r. 29 maja 2007 r. nastąpiła konsekracja świątyni. Kościół powstał wysiłkiem wielu instytucji i ludzi, ale przede wszystkim ówczesnego proboszcza ks. płk. Zenona Surmy.
Przystępując do odbudowy świątyni w 1999 r. nie zdecydowano się na odtworzenie kościoła przedwojennego (prawdopodobnie ze względu na koszty). Dzisiejszy obiekt powstał na planie krzyża w miejscu poprzednich świątyń, lecz jest inaczej usytuowany. Główne wejście znajduje się od strony zachodniej (w poprzednich było od strony północnej).
Projektantem kościoła była mgr inż. Małgorzata Szmidt a konstruktorem inż. Bogdan Nowak. Kierownikiem budowy został mgr inż. Piotr Homma.
CIEKAWOSTKI
Dwie parafie Zegrze
Przeniesienie siedziby parafii Zegrze do Woli Kiełpińskiej w końcu XIX w. spowodowało zawirowania z nazewnictwem. Już w latach 1919-1939, gdy istniała parafia garnizonowa w Zegrzu, były dwie parafie mające w nazwie Zegrze. Podobnie stało po roku 1993 i trwa do dzisiaj.
Niezwykła kolumna
Po wysadzeniu pozostałości przedwojennego kościoła w 1987 r., przez wiele lat na gruzach sterczała ocalała kolumna toskańska, stojąca kiedyś przed wejściem do świątyni. W czasie przygotowywania terenu pod budowę nowego kościoła ocalono ją i potem umieszczono przed prezbiterium po lewej stronie. Jest symbolem ciągłości historii zegrzyńskich kościołów.